位于同安区西柯镇吕厝社区中。据《吕厝吕氏族谱》记载：唐光启元年（885），吕癏后裔吕占，字竞茂，由河南光州固始县佐王潮兄弟人闽，居晋江七都曾埭吴坑（今晋江安海西安村）。七传吕癵，字季玉，号心节，北宋景祐元年（1034）进士，择南安朴兜乡（今南安水头朴里）而家。南宋绍熙元年（1190），吕占十一世孙舜臣（字廷元，号潘溪)自南安朴兜乡西仓迁居浯江（今金门）东仓，为金门吕氏开基祖，十四世由东仓迁居金门刘澳吕厝。

明洪武二十六年(1393），吕长顺（字宗裕，号潜德，金门开基祖吕廷元十六世孙）从母李氏偕二弟潜溪由刘澳吕厝到同安教书，后定居同安从顺里三都霞崎石井(今吕厝)肇基发祥。长顺生四子大乾、大宜、大成、大宾。吕长顺设馆授徒，传承先人理学文化，于洪武三十一年（1398）为奉母长斋而建华藏庵。今吕厝村内吕厝王爷宫（即华藏庵）为同安香火最为旺盛的王爷宫，福建省非物质文化遗产“送王船”民俗即起源于此。

宗祠始建于明代，明正统九年（1444）建后落大厝，明景泰七年（1456）续建前落大厝，清乾隆、光绪屡有重修，2006至2008年翻修。祠坐西南朝东北，总占地面积320平方米，建筑面积240平方米。现存建筑为前、后两落，中为天井及两侧廊道，总面宽12.3米，通进深21米。前落面阔3间，进深1间，凹寿门，抬梁式梁架，采用大量青石雕装饰门面，三段式翘脊，前后屋面各有4条垂脊；后落面阔3间，进深3间10米，抬梁式梁架，中厅设神龛，厅内悬有“进士”（吕文轩）、“御史中丞”（吕惠卿）、“南畿经元”（吕大宜）、“理学名宦”（吕大奎）等匾额。祠堂保留有抱鼓石及部分清代石构基础。

家庙郡望“河东”，尊泉派分堂号“理学”为堂号。昭穆：“宗大体汝仁，甫君克尔际”。十世后，改用泉州统一排行：“尔甫希贤哲，于兹毓俊良，子孙敦本实，伯仲炳文章，若汝忠惟允，如余孝有常，立廉存素志，秉节植宏纲，登仁才猷著，经邦体用彰，云礽循祖法，奕世赐嘉祥”。因为这六十字的头两字与长顺所编字辈重复，所以十一世从“希”字用起，目前，行至“实”字辈。

吕厝外迁的有：七世君显，又名理泰，生于明嘉靖三十二年（1553），年轻时移居广东惠州府海丰县甲子所，生子振祖、振魁；十一世希委清乾隆间（1736-1795）移居台北淡水；十五世兹寄、十六世毓撒、十七世俊江，均往南洋群岛发展。清末民国初，有几人移新加坡，今已传500多人。尚有其他散居外地者未得其详。

吕厝社“送王船”，是送“代天巡狩”的王爷，是沿海渔港、渔村古已有之的传统民俗，已有500多年历史，2008年被定为国家级非物质文化遗产保护项目。

本文摘录于：厦门市同安区文体广电出版局与

厦门市同安区图书馆 编著的《同安宗祠》