杨金殿于1913年出生于马来亚怡保，祖籍同安。少年时就读于华林市明德小学和培南学校，后在霹雳州育才中学读完初中三年课程，中学毕业后曾当过几个月教师，便辞去工作转到他父亲扬鸿升所开办的万源兴五金店。

杨金殿在青年时代也和其他华侨一样，对中国的时局非常关心。1928年中国山东“五三惨案”发生，日寇在济南屠杀无辜百姓，连中国政府特派员蔡公时等17名外交人员也未能幸免。杨金殿积极参加声讨日军暴行的抗议行动，投身于抗日斗争的行列。

杨金殿曾任万源兴有限公司董事长，在怡保市经营五金、建材、锡矿及树胶加工器材。历任怡保中华商会会长、霹雳州福建公会理事、槟城同安金厦公会名誉主席、怡保培南学校董事长等职。

1955年，马来亚霹雳州怡保市福建公会在原培南小学基础上创办培南中学。当时杨金殿担任培南学校董事长，在他的领导下，筹集了310多万元，为培南中学兴建了20间教室。

育才中学是霹雳州华侨于1908年创办的当地华文最高学府，培育成千上万人才遍及全马和世界各地，为当地的发展做出了贡献。1963年马来亚政府对华文中学实施改革，原育才中学被分为两部分：公立育才中学和独立育才中学。公立育才中学由政府拨给经费，用马来语和英语教学，华语处于次要地位。而独立育才中学马来语、华语和英语并重，教学上德、智、体、美、群五育并重，但是政府不给经费，因此育才独中困难重重，生源骤减。面对华文教育生死存亡的关头，华人有识之士奔走呼吁大家筹集经费维持育才独中的生存，一向热心华文教育的杨金殿局绅，被推举为“育才独中之夜联欢宴会”筹委会主席。筹委会创造性地举办“千人宴”“万人宴”宣传筹款方式，1977年4月19日举办“千人宴”筹得31700多元；1978年4月10日晚育才独中举办名副其实的“万人宴”，盛况空前，声势浩大，其筹得40万元巨款，大大超过原定计划。育才独中董事会在万人宴之后又动员各区及各界人士力量，发动筹款500万元活动，并成立以杨金殿局绅为主席的建校委员会，1982年6月获马来亚教育部批准，在所购的九洞育龙岗新址建设新校舍，同年12月举行动工仪式，1985年7月，占地8平方千米的育才独中新校园竣工，包括有校舍、图书馆、礼堂和学生宿舍等，环山抱水、环境幽雅、实为读书的好去处。

在育才独中建设过程中，杨金殿年届古稀，仍不辞辛苦，欣然承担重任。他既率先捐资6万元，又亲自为兴建育才独中奔走呼吁，日夜筹划，贡献最大。育才独中在校门正堂竖立了杨金殿铜像，以褒扬他对这所华文中学所创立的功绩。1988年该校杨金殿大礼堂建竣并举办80周年校庆暨礼堂落成典礼双庆。杨金殿在谈到他自己对华文教育所倾注的关心时说：“我自小接受华文教育，而父母平时不断向我灌输民族的思想意识，以及中华文化对我的熏陶，我感到为华文教育做事是义不容辞的！”他还强调说，先贤陈嘉庚毁家兴学的精神对他的影响很大，但是影响至深的还是他的母亲——方敦枝女士，这位鼓励自己儿子热心慈善公益事业的平凡而伟大的母亲。

在杨金殿的故乡同安县内厝乡新垵村，建于1957年的“敦枝小学”就是以杨金殿母亲名字命名的侨建学校。这所建筑面积1300平方米、占地7200平方米的边远农村小学，1983年还接受了杨金殿先生捐赠的价值3000元的教学用品。